JGSSの調査方法は調査年度ごとに若干異なっているが、全体を通してのおおまかな方針は以下の通りである。
調査対象の母集団は、満２０～８９歳の男女であり、層化２段抽出法により対象者を抽出している。層化は、全国を北海道・東北、関東、中部、近畿、中国・四国、九州の６ブロックに分け、各ブロック内で市郡規模に応じて大都市、その他の市、郡部の３つ（JGSS-2006以降は、大都市、人口２０万人以上の市、人口２０万人未満の市、郡部の４つ）に分ける方法をとっている。国勢調査の調査区を調査地点の抽出単位とし、各層から調査地点を抽出している。調査地点数は、ひとつの調査地点の対象者数が最大でおよそ１５になるように設定している。各調査地点における対象者の抽出は、選挙人名簿（許可されない場合は住民基本台帳）からの系統抽出により行っている。
データの回収方法は、面接法と留置法を組み合わせたものである。つまり、調査項目全体を面接調査票による設問と留置調査票による設問に分割し、回答者には両方の調査票への回答を依頼している。それぞれの設問をどちらの調査票に組み込むかは、両者の特性を生かすように考慮している。面接調査票には枝分かれの多い設問など回答が複雑な設問を組み込み、留置調査票には回答が容易な設問やプライバシーへの配慮が強く求められる設問を組み込んでいる。それぞれの調査票の所要時間はおよそ２０分であり、合計４０分ほどで調査が終了することを目指している。どちらの調査票への回答を先に依頼するかは回答者の都合に任せることにしているが、例年、面接調査票が先に実施される場合が大半である。
JGSSは面接調査票と留置調査票をそれぞれ１種類用いる方式でスタートしたが、JGSS-2003では、留置調査票をＡ票とＢ票の２種類用意し、対象者を半数ずつそれぞれの調査票に割り当てる方式をとった。EASSプロジェクトが発足した２００６年以降は、留置調査票Ａ表には主として継続的な設問と時事的な設問を、留置調査票Ｂ票にはJGSSの基本的な設問のほかEASSのモジュールを組み込んでいる。
JGSSの調査項目は、原則的に毎回調査する中心的な設問と、１回限りあるいは数回に１度だけ調査する時事的な設問に分けられる。中心的な設問には、回答者の職業や世帯構成などの基本属性に関する設問と、回答者の日常的な行動や基本的な生活意識、政治意識などに関する設問が含まれる。中心的な設問は、毎回同じ項目を継続して調査することが原則であるが、調査年度ごとに若干の修正を行うこともある。時事的な設問には、それぞれの調査時点で世間の注目を集めている出来事に関する設問や、集中的な分析が行いやすいように特定のテーマに焦点を絞って組み込んだ設問が含まれる。JGSS-2005からは、一般の研究者への公募から組み込まれた設問も時事的な設問に含まれている。（詳細は各年の調査項目一覧を参照） |
